วันที่ 26 เมษายน พ.ศ. 2547 สภาการปกครองอิรัก (Iraqi Governing Council หรือ IGC) ได้ประกาศใช้ธงชาติอย่างใหม่แทนธงเดิมในยุคของซัดดัม ฮุสเซน โดยเลือกจากธงที่ได้มีการการส่งเข้าประกวด 30 แบบ ซึ่งแบบธงที่ได้รับการคัดเลือกนี้ เป็นผลงานของของริฟัต อัล ชาเดอร์ชี (Rifat al-Chaderchi) ศิลปินและสถาปนิกชาวอิรัก ซึ่งพำนักอยู่ที่กรุงลอนดอน สหราชอาณาจักร และเป็นพี่ชายของสมาชิกสภาการปกครองอิรักคนหนึ่งด้วย

ลักษณะของธงดังกล่าว เป็นธงสี่เหลี่ยมผืนผ้าพื้นสีขาว ตอนล่างมีแถบสีฟ้า-เหลือง-ฟ้า ขนาดเล็ก ความกว้างรวมกันเป็น 1 ใน 4 ส่วนของความกว้างธงทั้งหมด แถบสีฟ้านั้นหมายถึงแม่น้ำไทกริสและแม่น้ำยูเฟรติส ซึ่งไหลผ่านที่ราบลุ่มเมโสโปเตเมีย อันเป็นที่ตั้งของประเทศอิรัก แถบสีเหลืองหมายถึงชนกลุ่มน้อยชาวเคิร์ด ซึ่งเหตุผลในการให้คำนิยามเช่นนี้ไม่เป็นที่ชัดเจนนัก แต่เป็นที่ทราบกันดีว่า ในธงเคอร์ดิชสถานนั้นมีรูปดวงอาทิตย์สีเหลืองประกอบอยู่ด้วย ส่วนที่กลางพื้นสีขาวนั้น มีรูปจันทร์เสี้ยวสีฟ้า หมายถึง ศาสนาอิสลาม

แบบธงดังกล่าวนี้ ถือได้ว่าแตกต่างจากธงที่ใช้ในกลุ่มประเทศอาหรับอย่างสิ้นเชิง เพราะตามประวัติศาสตร์ของชาติต่างๆ ในแถบตะวันออกกลาง ธงชาติมักจะใช้สีเขียวและสีดำ เพื่อแทนความหมายของศาสนาอิสลาม ใช้สีแดงเป็นสัญลักษณ์ของแนวคิดชาตินิยมอาหรับ และในตราสัญลักษณ์แบบอาหรับนั้น ก็นิยมใช้สีเขียวหรือสีแดงโดยทั่วไปอีกด้วย การที่ใช้ธงชาติที่มีสีหลักเป็นสีขาวและฟ้าเช่นนี้ จึงได้กลายเป็นประเด็นที่โต้แย้งและถกเถียงกันในอิรัก เพราะลักษณะธงนี้ไปคล้ายคลึงกับธงชาติอิสราเอล ซึ่งอิรักถือว่าเป็นประเทศชนชาติศัตรู (อนึ่ง แบบธงชาติอิสราเอลจำนวนหนึ่งก่อนที่จะมีการประกาศใช้ธงชาติของตนจริงๆ นั้น ก็มีสีเหลืองประกอบอยู่ในธงด้วย)[6]) ข้อวิจารณ์ในหลายแห่งแสดงออกมามาว่ารู้สึกเสียใจที่ธงชาติอย่างใหม่นี้ ได้ละเลยการใช้สีพันธมิตรอาหรับ และไม่มีข้อความสรรเสริญพระเจ้า "อัลลอหุ อักบัร" ปรากฏอยู่ โดยขาดความเคารพต่อผู้ที่ออกแบบธงเดิม

มีรายงานว่า ธงแบบใหม่ธงนี้ได้ถูกเผาเพื่อเป็นการประท้วงที่เมืองฟัลลูจาห์ (Fallujah) ในวันที่ 27 เมษายน พ.ศ. 2547 ก่อนหน้าวันที่จะมีการประกาศใช้ธงชาติใหม่อย่างเป็นทางการ 1 วัน

วันที่ 28 เมษายน พ.ศ. 2547 นายมัสซุด บาร์ซานี (Massoud Barzani) ประธานสภาการปกครองอิรัก ได้แสดงแบบธงใหม่อย่างเป็นทางการ โดยปรับแก้ให้ธงนี้มีโทนสีฟ้าที่เข้มขึ้นจากแบบเดิม ซึ่งเผยแพร่ต่อสื่อมวลชนในวันที่ 26 เมษายน ไม่เป็นที่ชัดเจนว่า เหตุที่มีการแก้แบบธงนั้นมาจากการประท้วงที่เกิดขึ้นหรือไม่ หรือเป็นจากแก้ไขจากแบบเดิมด้วยสาเหตุความผิดพลาดด้านการพิมพ์เพื่อเผยแพร่สื่อตามที่นายมัสซุดอ้าง นายมัสซุดยังได้กล่าวด้วยว่า แบบธงดังกล่าวนี้จะใช้เป็นการชั่วคราว จนกว่าจะมีการใช้แบบธงชาติที่แน่นอน

จากการเผชิญหน้ากับความขัดแยังในครั้งนี้ ทำให้ที่สุดแล้ว การประกาศใช้ธงชาติแบบใหม่อย่างเป็นทางการจึงถูกยกเลิกไป ต่อมาในวันที่ 28 มิถุนายน พ.ศ. 2547 ในพิธีการส่งมอบอำนาจการปกครองอิรัก ธงชาติอิรักที่แสดงอยู่ในพิธีการดังกล่าว ปรากฏว่าเป็นการปรับแบบธงเล็กน้อยจากแบบธงชาติสมัยของซัดดัม ฮุสเซนเพียงเล็กน้อย โดยเปลี่ยนรูปตัวอักษรในข้อความภาษาอาหรับ จากแบบลายมือ มาเป็นแบบตัวเหลี่ยมสมัยใหม่[7]

ภายหลังเมื่อต้นเดือนมกราคม พ.ศ. 2551 ได้มีการเสนอแบบธงชาติใหม่ โดยยกเอาดาวห้าแฉก 3 ดวงสีเขียว อันเป็นสัญลักษณ์ของพรรคบะอัธในธงชาติเดิมออก และแทนที่ด้วยรูปวงกลมสีเหลืองซ้อนทับบนดาวแปดแฉกสีเขียว ที่ระหว่างข้อความภาษาอาหรับ "อัลลอหุ อักบัร" เพื่อแทนความหมายถึงชนกลุ่มน้อยชาวเคิร์ดในอิรัก [8] นอกจากนี้ยังมีการเสนอแบบธงใหม่อีกแบบหนึ่ง ซึ่งมีลักษณะคล้ายกันกับธงชาติช่วง พ.ศ. 2547-2551 แต่เปลี่ยนสีตัวอักษรภาษาอาหรับในธง จากเดิมสีเขียว ให้เป็นสีเหลือง เพื่อให้มีความหมายถึงชนกลุ่มน้อยชาวเคิร์ดด้วยเช่นกัน และได้เปลี่ยนนิยามความหมายของดาว 3 ดวงในธงเป็น "สันติภาพ ขันติธรรม และยุติธรรม"[9]

22 มกราคม พ.ศ. 2551 รัฐสภาอิรักได้ลงมติให้ใช้ธงชาติใหม่ มีลักษณะคล้ายธงชาติแบบเดิม แต่ยกเอาดาว 3 ดวงในธงออกเสีย[10]

• แบบธงชาติอิรัก ที่มีการเสนอใหม่ใน พ.ศ. 2551
• แบบธงชาติอิรัก ที่มีการเสนอใหม่ใน พ.ศ. 2551 อีกแบบหนึ่ง
• ธงชาติอิรักแบบปัจจุบัน หลังรัฐสภาอิรักลงมติเมื่อวันที่ 22 มกราคม พ.ศ. 2551[11]